Surveillance au sein

Rapports scientifiques volume 13, Numéro d'article : 12529 (2023) Citer cet article

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Campylobacter jejuni et Campylobacter coli sont d’importants pathogènes zoonotiques d’origine alimentaire et suscitent des inquiétudes en raison de la tendance croissante à la résistance aux antimicrobiens. Une étude de surveillance à long terme a été menée sur des animaux de différents groupes d'âge dans cinq fermes de bovins laitiers pour étudier la diversité au sein de la ferme et la dynamique de transmission des Campylobacter résistants au fil du temps. Le phénotype de résistance des isolats en circulation (170 C. jejuni et 37 C. coli) a été déterminé par microdilution en bouillon et une sélection de 56 isolats a été séquencée du génome entier à l'aide de la technologie de séquençage à fragments longs d'Oxford-Nanopore, ce qui a permis d'obtenir des génomes complètement résolus et circularisés. (à la fois les chromosomes et les plasmides). C. jejuni a été isolé dans toutes les fermes tandis que C. coli a été isolé dans seulement deux fermes, mais les taux de résistance étaient plus élevés chez C. coli que chez C. jejuni et chez les veaux que chez les animaux adultes. Certains génotypes (par exemple ST-48, gyrA_T86I/tet(O)/blaOXA-61 dans la ferme F1 ; ST-12000, aadE-Cc/tet(O)/blaOXA-489 dans F4) ont persisté tout au long de l'étude tandis que d'autres n'étaient que sporadiquement. détecté. L'acquisition de gènes extracellulaires à partir d'autres isolats et les événements mutationnels intracellulaires ont été identifiés comme les processus ayant conduit à l'émergence de génotypes résistants qui se sont propagés au sein des troupeaux. La surveillance avec le séquençage d'Oxford Nanopore Technologies a permis de déchiffrer l'épidémiologie moléculaire complexe qui sous-tend la dissémination au sein des élevages de Campylobacter résistant.

La campylobactériose est la principale cause de gastro-entérite bactérienne humaine dans les pays industrialisés, les espèces Campylobacter jejuni et Campylobacter coli étant les principales responsables. Après la volaille, les bovins sont considérés comme une source majeure de transmission de Campylobacter à l'homme par la consommation d'aliments et/ou d'eau contaminés ou par contact direct avec les animaux ou leurs excréments1. Étant donné que les infections à Campylobacter sont généralement spontanément résolutives, le traitement antimicrobien n'est indiqué que dans les infections systémiques et graves. Néanmoins, les campylobactéries résistantes aux antimicrobiens sont un sujet de préoccupation car elles mettent en danger les options de traitement des infections. Les fluoroquinolones (FQ) et les tétracyclines, souvent prescrites comme traitement empirique contre la diarrhée2, ont une efficacité réduite en raison de leurs niveaux élevés de résistance. Les macrolides sont donc devenus les antimicrobiens de choix pour les cas de campylobactériose sévère confirmés en laboratoire3,4.

Nos résultats précédents, basés sur des études épidémiologiques transversales menées au Pays basque (nord de l'Espagne), ont montré que les bovins laitiers représentent un réservoir important de Campylobacter résistant5,6 et que la prévalence de la résistance aux antimicrobiens d'importance médicale critique, tels que les FQ, est augmente alors que la résistance aux macrolides reste faible6,7. L'acquisition de certains traits de résistance aux antimicrobiens a été associée à une meilleure condition physique bactérienne (par exemple, la mutation ponctuelle C257T dans le gène gyrA)8,9, tandis que d'autres conduisent à une diminution de la condition physique (par exemple, la mutation ponctuelle 2075G dans le gène de l'ARNr 23S)10,11. Dans une certaine mesure, cela pourrait expliquer les taux élevés de résistance au FQ actuellement observés et les faibles taux de résistance aux macrolides chez Campylobacter spp. du bétail12.

Plusieurs études ont rapporté une variabilité dans les schémas d'excrétion fécale de Campylobacter associée à l'âge et à des différences dans la persistance au sein de l'exploitation de génotypes distincts 13,14,15. Cependant, la dynamique de transmission au sein des troupeaux des génotypes résistants n’a pas été entièrement élucidée et des lacunes existent encore concernant la propagation de la résistance aux antibiotiques. Compte tenu de la forte corrélation entre l'inférence de résistance basée sur le phénotype utilisant des concentrations minimales inhibitrices (CMI) et le génotype utilisant le séquençage du génome entier (WGS) chez Campylobacter16 et la puissance du WGS pour la caractérisation génomique approfondie des bactéries17, une étude longitudinale a été réalisée ici. menés dans cinq élevages de bovins laitiers pendant une période de 16 mois pour étudier si certains génotypes résistants pourraient être plus adaptés à une colonisation à long terme des troupeaux. Les tests phénotypiques de sensibilité aux antimicrobiens et le WGS ont été combinés pour caractériser les isolats récupérés chez des animaux de différents groupes d'âge (veaux, génisses et vaches en lactation) collectés au fil du temps. Pour garantir des assemblages complets de génomes bactériens et de plasmides circulaires et obtenir des informations précises sur l’emplacement des gènes de résistance aux antimicrobiens (ARG), un séquençage à lecture longue basé sur la technologie Oxford Nanopore (ONT) a été utilisé. Comprendre l'épidémiologie complexe et la dynamique de l'acquisition et de la propagation de la résistance aux antibiotiques chez C. jejuni et C. coli dans les fermes de bovins laitiers aiderait à établir des lignes de base pour les recommandations concernant les pratiques de gestion à la ferme.